研究人員使用一種算法方法來了解癌症如何改變組蛋白標記物

EPFL和UNIL的科學家們在癌細胞上使用了一種新的算法,以獲得知識以及組蛋白標記(H3K27ac)的變化和誘導細胞核中染色質區域的重新定位。科學家們還描述了被稱為增強子和啟動子的調節元素之間局部接觸的改動如何影響腫瘤基因的表達。這項研究正試圖獲得對癌症的新認識以及抗擊癌症的潛在方法。

研究人員使用一種算法方法來了解癌症如何改變組蛋白標記物

癌症是一種極其復雜的疾病,這在一定程度上使得對癌症的研究如此困難。為了獲得對癌症的理解,研究人員將注意力集中在基因組上。如果他們能夠了解在DNA水平上發生了什麼,科學家們希望將來有可能完全治療和預防癌症。這個項目的研究人員在發生在癌症中的關鍵基因畸變方面取得了突破性發現。

該團隊使用一種基於算法的新方法來研究癌細胞如何重組DNA的三維結構,以提高被稱為致癌基因的促癌基因的活性。科學家們專注於細胞內DNA包裝的四條染色體,以及染色體在細胞核的小范圍內是如何組織的。在正常的DNA中,每個細胞攜帶23條染色體,每條染色體有兩個副本。然而,染色體的結構和組織在癌細胞中發生變化。

科學家們說,在一個癌細胞中,8號染色體副本的一個片段可以連接到14號染色體副本上。染色體也可以採取更寬松或緊湊的結構,這取決於被稱為表觀遺傳標記的化學修飾。這個項目的科學家們研究了特定表觀遺傳標記的變化如何改變染色體結構和促進腫瘤生長的基因(稱為致癌基因)的表達。

該團隊使用的遺傳算法方法被稱為Calder,它用於追蹤基因組區域在細胞核內如何相互定位。該團隊使用該方法來比較100多個樣本中的基因組空間組織。Calder追蹤了由於表觀遺傳標記變化而從細胞核的一個區域 “移動 “到另一個區域的染色質區域。研究小組發現,在淋巴瘤細胞中,特定的表觀遺傳變化導致染色質區域被重新定位到細胞核的不同區域,導致新的局部相互作用,過度激活致癌基因的表達。

來源:cnBeta