基本操作：左邊搖桿和左邊方向鍵和右邊C鍵都是移動和選擇項目。A鍵是項目決定，人物對話，調查。B鍵是項目退出，前面畫面的退出。START/PAUSE和X.Y鍵是菜單表示/道具欄移動。R鍵是道具順序替換。主菜單分別是ポケモソ，PDA,もちもの，記錄，退出。
開始遊戲有5個選項，分別是開始遊戲，繼續遊戲，對戰模式，設定變更，退出。
選擇第一個開始遊戲，開始是主角人名設定，結束後是CG欣賞。
故事發生在オ-レ地方，5年前，邪惡的組織シャド-在這里發起了黑暗口袋妖怪事件，謎的少女拯救了黑暗口袋妖怪，毀滅了シャド-計畫，人們看到了和平。
ポケモソ綜合研究所
主人公已戰鬥開始了他的旅行，我方是血翼飛龍，對方是鋼螃蟹，2下地震就贏了，後來才知道是虛擬模擬戰鬥。主人公從模擬訓練機內走出，這里是口袋妖怪綜合研究所，是父親建造的，這里正在研究開發能捕獲黑暗妖怪的スナッチマシソ裝置。主角走出模擬訓練房，看見旁邊房間的博士在談話，主角走進房間，只見女助手看到主角叫告訴主角自己房間的台子上有PDA,並告訴基本功能，主角下樓出去走左邊的門，進去後最左邊的房間台子上就可以拿到PDA，然後上樓，右邊電腦錢的博士對話，博士告訴你太在研究新裝備，再去左邊房間實驗台下的工作員對話，他告訴你下一個地方。剛出門，博士拉主角看電視，他說海上的口袋妖怪運輸船遇難，去向不明，讓主角找線索。
カミソコ博士の屋敷
剛想進入木屋，門口和研究員一戰，戰鬥結束後藍發女孩瑪娜迎接主角進去，走到里屋和她交談，她問主角時，主角看到她有個「-」極兔子，主角旁邊房間正好有個「+」極兔子，女孩聽了就決定和主角走一趟。
ポケモソ綜合研究所
門口遇到博士助手，她告訴博士要見你，然後去自己房間外的客廳，在和她交談，就可以去1樓右邊門左邊房間和博士對話，博士告訴主角捕捉裝置完成，讓主角裝上，主角裝在左手上看了看，博士也出門了，主角剛走出門，門口的女子告訴你好像都到博士叫聲，主角連忙出門，只見博士被組織シャド-抓住，主角上前想救，立刻有人和主角戰鬥，對方用的是黑暗口袋妖怪，博士讓主角用精靈球，主角扔了一個就抓住了（以後抓黑暗口袋妖怪一定要紅血時才能容易抓住），不過博士還是被抓走，回來後，藍發女孩哭了，先去2樓，左邊的電腦前的博士旁的女助手對話，她告訴你可以去アイオポ-ト調查，主角剛想走，藍發女孩又來了，她想一起去，走到研究所出口時，研究員給了你博士的記錄本1，2。主角就可以去下個地方了。
アイオポ-ト
剛進入這里，小女孩控制不了自己，看到大海就激動的沖了過去，只見一個大個子壯漢正好走過，小女孩沒辦法，那個壯漢要和主角開打，這時旁邊的一個老人帶着2個手下看到，並幫主角戰鬥，他輕鬆解決了戰鬥，小女孩還想道謝，可他說了幾句就走了。往左邊沒走幾步，小女孩的玩伴帶着母親走了過來，原來她家在這里，她母親自我介紹了一下，主角瞭解了這里不可能有什麼線索。主角往海邊轉向橋走去，一個男子就說自己是開助動車商店，讓主角去看看，商店在左邊，進入里面，門口的船員給你各種伊布進化的石頭，升一級就可以進化了，和男子對話，他給你博士放在他那里的東西。主角在去右邊的酒吧，門口的水手說只有強者才能入內，戰鬥勝利後水手承認實力讓你進去，2樓看到之前的老人和他2個手下，不過他們也不知道博士下落，主角只好回去。
ポケモソ綜合研究所
又是剛才的研究員給了主角3，4，5記錄本，主角去左邊門，上2樓，電腦前的博士交談，博士看到男子給的東西後明白怎麼回事，並告訴主角去アゲトビレッヅ找線索，小女孩聽後離開，主角馬上動身。
アゲトビレッヅ
左邊洞里有個老奶奶教你3個技能。走到中間房子里，一個老人告訴你她的丈夫可以淨化黑暗口袋妖怪，主角馬上去中間的洞里，一路路對戰下來，走出山洞，老人正在這里等候多時，又是一場戰鬥，輕松贏下，就可以淨化收來的黑暗口袋妖怪（一定要等到黑暗值扣光才能來這里）。
バトル山
門口又是和組織シャド-戰鬥員一戰，進入後知道這里是類似於戰鬥塔，里面可以換很多好東西，右邊坐着的老人可以讓你的口袋妖怪忘記技能，下面白衣服的交你4個技能，接着就是和中間報名人員對話，連續3次戰鬥，戰鬥結束後一男子讓主角去右邊的シャド-のうボ看看有沒有博士的線索。
シャド-のうボ
進入後，穿着6種不同顏色服裝的戰鬥員從研究室走出，看見主角先是做了一些准備工作（由於不懂日文，所以這里的搞笑話沒辦法寫出），然後主角就可以一一挑戰。
研究室左門里是拿道具，右邊是他們真正研究的地方，進去就是一次次的對戰，走到最下層，和一個研究員對戰，贏了就可以拿到ID卡，在走出門，去左邊打開ID門，就可以去救博士了。救出博士，剛走出，又遇到組織シャド-里的一名少女領袖，一場戰鬥不可避免，贏了她，地上有重要道具，拿好就可以回綜合研究所了。
ポケモソ綜合研究所
博士的新裝置也研究好了，作用是讓3個自己口袋妖怪放在周圍的3個圓內，讓黑暗口袋妖怪在中間圈內，只要是外面3個口袋妖怪屬性相剋，就可以加快扣除黑暗口袋妖怪的黑暗值。
然後出門，博士讓你找另一個博士，其實他在研究所外的小道上（我找了幾個小時），他給了主角デ-タロム。並告訴你下個地方。
パイラタウン
主角慢慢走了進去，看見一女子被拿着火箭筒男子追着跑，女子跑出去後，那人也不追了，再往前沒走幾步，又看到2個黃發不良男子在和一個門衛交談，過一會2人看見主角在聽就走了。這里是ONBS電視台的所在地，這里也是持續35年風力發電的地方。吊橋右邊就是電視台，進去上到2樓，第一個房間的負責人告訴你5年前的事件就是他報導的，2樓的坐下就是直播室。旁邊一個房間有個小女孩加入，帶她去3樓第2個房間，原來小女孩很想見她母親。主角來到4樓平台，門口有人問主角是不是研究所來的，主角回答是就讓進去了。原來這里是取材班的人，和椅子上的人對話就可以把デ－タロム給他。主角離開電視台時，又看到剛才2個可疑男子。主角走過吊橋，只見一個大洞，進去才知道又是競技場，贏了送錢和技能。報導部的人先去了石場，主角馬上前去。
石場
石場里已經有研究員的女助手和她的老朋友，她介紹這人有15年的野外探索經驗，男子給了主角10個誘餌（用來捕捉野生的口袋妖怪，一般放2個以上，太少就會來不急回來就吃光了），還給了主角PDA新的功能，可以隨時看到誘餌還剩多少和哪個野外地有口袋妖怪，並告訴主角去下一個野外場。
オアシス
這里是靠海的捕獵場，草坪加椰樹，來的都是草系。他和主角說了幾句，就又讓主角去下一個捕獵場。（以後食物沒了，這里會發生アイオポ-ト商店2樓的老奶奶的剛比獸偷吃的情景，老奶奶就送主角10個誘餌和道具。）
洞窟
又看到之前的黃發2人組，剛上前交談，他們的老大爆炸頭男子來了，看到主角就是開打，可他哪知道主角那麼厲害，一下就輸了，撿起地上的東西，回電視台。
パイラタウン
回到電視台，原來又是黑暗組織シャド-，一路打敗各種戰鬥員，中間幫助電視台的人員，來到頂層，看見他們隊長在和他們交談，電視屏幕前的敵人報告ONBS的人全部消除完了，接着就是和隊長戰鬥，贏了以後他們叫主角去找市長，主角走出電視台，前往フェナスシティ。
フェナスシティ
主角剛走進去，一女子馬上攔住了主角，她給了主角3個東西和一個道具，並告訴去ラルガタワ－看看。
ラルガタワ－
剛進去又看見那2個黃發男子，他們交談中看見主角就又閃了，進入門里，右邊的門是恢復點，左邊門是商店。再往中間門進去，左邊的人告訴主角市長生病了，左邊門里是賭博的，中間是戰鬥塔，等級最低也有40級。右邊門里是各種虛擬任務。中間是戰鬥塔，等級40級開始。之前那個女的就是給你3個任務讓主角完成再去找她（01任務是用飛行系的刮風2下就可以完成，07任務是用2次加攻擊力，在用1次地震就可以完成，20任務是讓自己口袋妖怪用冰凍光線殺死自己口袋妖怪，讓後面口袋妖怪上來對戰），3個完成後可以去フェナスシティ了。
フェナスシティ
先上去台階的右邊房子桌子上的東西，然後去左邊市長家里的秘書交談，她去放音樂，主角上2樓,看見地上的閃光東西，就過去撿起，原來是市長留下的信，主角剛讀完信，女秘書就是上了2樓，她看到主角拿着信，知道主角明白這次事件，就馬上露出黑暗組織成員的面目，一場戰鬥無法避免，戰鬥後，主角下樓，又來了一個戰鬥員，贏下後，走出房門，看見中間房子門里走出6個戰鬥員，他們正是之前シャド-のうボ遇到的6兄弟，他們變成這里的市民，想抓市長，主角當然是各個擊破，打完後去中間房內，有個戰鬥員就搶市長的信，被主角擊敗，走上中間圓形台，又是一男一女戰鬥員，他們想抓住市長做人質，被主角打敗，出來後往上走，過了洞往里走，隨便走左右門都會來到一個巨大的圓形石板，中間站着取材組的報導人員，他們在和黑暗組織的幹部交談，幹部看到主角來了，就叫手下和主角對戰，但手下太弱，就自己上，也輸了。他們抓市長的計畫沒有成功，就走了。地上是他們掉落的東西，拿着去中間房子里右邊的控制台前使用，中間的的精靈球生起，下去後，和市長交談。原來他們都躲了起來，再和一個研究員對話，他告訴你去リブラ號，市長要你去他家，去了市長家，市長給你一個能讓沒上場戰鬥的口袋妖怪分到經驗。拿好就去リブラ號
リブラ號
主角開着助動車進入，可是沒開多久，由於沙子深，卡住了輪胎，只好先回カミソコ博士の屋敷問問。
カミソコ博士の屋敷
那個矮個子助手讓主角去 左邊地下室看看，最里面的寶箱里拿了一封信。
パイラタウン
來到電視台頂層取材班，和他們交談中知道老人的孫女的一個口袋妖怪丟了，讓主角去找。
アイオポ-ト
回到助動車店，老闆叫主角去カミソコ博士の屋敷里的發明家想辦法，出去後，又看到以前幫過主角的老人。
カミソコ博士の屋敷
到了門口，助手就和主角開戰，發明家走出和助手交談，叫他試試他們造得機械古拉頓坐騎能不能提高戰鬥力，可是還是輸了，主角進去後，他讓主角找地下室的人員問問能不能幫忙，去了右邊門，打開地下室最左邊的寶箱，選第2個，出來後在和左邊的發明家交談，他讓主角去右邊門里，進入後乘電梯到地下室，和開發員交談，他說可以一起去助動車店改造。
アイオポ-ト
他看了看主角的助動車，並改造了一下，這下車子可以開過沙漠了，主角馬上前往。
リブラ號
來到沙漠上，主角平安的開往目的地，主角嚇一跳，這不是新聞里報導的出事運輸船嗎？怎麼跑這里來了，船都斷成2半，這麼大的船，主角馬上想到黑暗組織。先進去再說，上了3層樓梯，剛走到甲板上，看見3個戰鬥員談話，其中2人說完就去工廠，一人留下戰鬥，勝利後，船里走出一人，他說他在海上疲勞，就在操舵事休息，醒來就這樣了，還聽見船底有可怕的聲響，主角走到船底，原來是老人的孫女說的口袋妖怪，可是一靠近，它就饒圈子，沒辦法，只好先回去，回到剛才那人那里，他聽了也就安心了。出船後碰到背後印有盜字的人，聽他們說他們是5年前的黑暗組織。他們看到主角手上的裝置，就想搶過來，就這樣他們用臭臭花把主角薰倒。醒來後被操舵事的那人救起，自己手上的裝置被搶走，他告訴主去北面的工廠看看。（這個時候回電視台，告訴老人和他孫女要抓的口袋妖怪在船底）
シャド-の秘密工廠
門口又看到2個背後有盜字的人要進去，可是路口有個高大男子不讓，戰鬥後他們輸了就走了。主角上前交談戰鬥，勝利後電視台的人員來電。
パイラタウン
去電視台2樓辦公桌前的負責人交談，他告訴你去町外れのスタソド，可能找到線索。
町外れのスタソド
走進去後，以前那2個黃發男在交談，他們老大從火車頭里走出，看見主角就戰鬥，他們再一次失敗。火車里面左邊研究員告訴你5年前黑暗組織的基地，再和最里面男子對話，他說想和強者對戰，主角答應了，就出去開戰，還是輕松勝利，主角離開。
スナッチ團アヅト
只見這里已經破爛不堪，到處是倒塌的痕跡，只要走到頂層右邊的房間，就可以和他們隊長戰鬥，贏下後他就還主角裝置，並給主角鑰匙，說地下一樓有寶物，主角拿了就走。
シャド-の秘密工廠
再前往北面的工廠，門口還是那人，戰鬥，往前走到2個高個面前，他們不讓進，這時之前搶走裝置的組織人員的隊長帶着手下來幫忙，用老辦法臭臭花把2人薰倒，主角就進去了。進去後和許多戰鬥員對戰，還瞭解這里是口袋妖怪被改造成黑暗化的工廠。3樓的門只要把箱子推到地上有圖案的地方，門就開了，來到頂層平台，和擋路的高個對戰，贏後走上去，上面是電力裝置，面前站着研究員不讓主角阻止，又是開戰，勝利後電力裝置一聲爆炸，下面的門里又走出一個戰鬥員，勝利後進門，和這里的黑暗組織幹部戰鬥，他輸了之後和黑暗組織總帥交談，說工廠量產口袋妖怪被制止。
ニケルダ－クの無敵要塞
打聽到總帥在這個島上，主角就想辦法過海，就和助動車老闆交談，他說發明家的機械海皇牙已完成，讓主角乘這個過去，順便和發明家助手最後一戰。主角坐上機械海皇牙，開着駛向島，剛上岸，看見總帥和2個手下進洞，原來是之前幫過主角的老人，主角從右洞進入，第一個電梯口碰到以前幹部之一的粉發女孩，這里每層都有些簡單的解謎考驗，第2個電梯出來後是推白色的鐵塊，推完後，剛想進洞，又是一戰，進洞後一看到岩漿後有個洞，在洞口恢復一下，進去在電梯口開戰，勝利後乘上電梯，來到很多路的路口，往最左邊的洞口走去，里面2個戰鬥員和主角一一對戰，勝利後乘上電梯，一個個移動的平板，往出口走去，旁邊又是進口，又是移動平板，來到電梯前，乘上，這里是吊鈎移動，過關上電梯，又是攔路戰鬥，這里有很多掉下去的玻璃路，饒到電梯口，和戰鬥員一戰，贏後便乘上電梯，只見一個巨型飛船停在那里，轉彎口又遇到想綁架市長的組織幹部，開戰勝利後主角走向飛船，門口是那個老人旁邊手下幹部一戰，勝利後進入內部，總帥看見主角就用一個屏障擋住主角，剛想旁邊還有個電梯，出去後又是之前工廠幹部一戰，他也是從旁邊電梯出來的，主角乘上電梯，原來是從旁邊饒過去，總帥看見主角還是進來了，就讓另一個手下幹部和主角對戰，勝利後總帥往左邊電梯逃走，乘上左邊的電梯，只見總帥叫出黑暗露基亞戰鬥，勝利後，又是和他的6個黑暗口袋妖怪戰鬥，勝利後，他的1個助手告訴他基地馬上要爆炸，叫他快點逃，另一個助手也來了，他認為黑暗組織就這樣毀滅，另一個還問他要不要啟動爆炸。另一個助手叫了一下父親，而助手說這里只能叫總帥，紅發助手讓總帥別在想着支配世界了， 黑暗組織就結束了。紅發助手拉起他，他過來表揚主角，天空的黑雲也散開，主角回來後，各地的人都歡呼雀躍，最後是研究所前的集體照。
オ－レコロツアム
記錄後讀取記錄，門口遇到以前幫助主角的口袋妖怪淨化的老人，他說自己是傳說的訓練員，勝利後，他告訴主角去オ－レコロツアム試試實力，里面不許用神獸，等級都是60級的。
（和博士交談可以去地下事拿大師球，最終BOSS也換成6個不同的口袋妖怪）
來源：遊民星空