【背景故事】
克洛斯貝爾自治州。這個被埃雷波尼亞帝國和卡爾瓦德共和國夾在中間，以大陸上數一數二的貿易和金融都市為地位發展起來的區域，因某個狂熱宗教團體引起的事件經歷了一次危機。黑幫集團之間的對抗，謎之藥物”真知”（Gnosis）事件，這一系列的事件因”特務支援科”的活躍而得以平安化解，自治州再次迎來和平。在將與教團和黑幫有牽連的帝國派和共和國派議員一掃而空後，迎來新市長的克洛斯貝爾似乎前途一片光明。但是，這對於即將迎來激盪時代的塞姆利亞大陸來說，只不過是片刻的休息罷了。這是為”在同樣的時代生存下去”的故事，以此送給想要”跨越壁障”的所有的人……
【遊戲系統】
軌跡系列一直存在着的手帳設定，通過按△+方向鍵可以快速打開對應的不同的手帳的界面。
在搜查手帳中此可以看到自己各個章節任務的完成情況。其中包括任務目標和提示，認領了之後的支線任務也會在這里顯示，並且任務期限和獎勵一般都會在此註明。遊戲中的各種關於導力器、導力魔法的組合方法、不同特殊結晶具有的效果和晶片數、核心結晶的核心魔法、升級搜查官等級會得到的獎勵、有關於釣魚和料理的基本方法在手帳中都有很明確的介紹。平時多看看搜查手帳相信會對玩家們攻關帶來不小的幫助。
戰鬥手帳則是每個地圖中所有可以遇到的和劇情遇到的敵人的數據。有關弱點屬性和特殊效果無效，以及該敵人的介紹。需要使用情報偵查儀或者是技能後才能收集到手帳中。該項收集要素可以換取額外的獎勵。
釣魚手帳跟料理手帳則是有關於在特定地點釣到過的魚的數據和通過和NPC對話習得的料理的資料。料理手冊中還會註明哪名角色擅長該種料理，方便玩家們在做料理的時候不易失敗。
【遊戲操作】
鍵位系統（以手把為例）：
遊戲操作
非戰鬥情況下：
搖桿，十字鍵：人物移動(默認跑步模式)。
搖桿+X：走路模式。
△+↑：料理手冊(料理菜單的確定，料理食物)
△+↓：釣魚(魚類手冊以及釣魚)
△+←：搜查手冊(確認任務，遊戲手冊等)
△+→：戰鬥手冊(查看戰績，各個地圖已知怪物數據等)
O：對話，確認選項。地圖模式下是縮放地圖。
口：打開界面菜單。
X：快進，取消選項
L：切換隊長
R：打開迷你地圖。
START：打開世界地圖。
△：button 1O:button 2X:button 3 口：button 4
【序章】
在教團事件中失勢的哈特曼原議長和厄內斯特原秘書，在逃往帝國被驅逐之後，又潛逃到了共和國。獲悉他們出現在數年前破獲的舊教團據點，克洛斯貝爾方面與共和國方面進行了協調。由特勤支援科牽頭，搜查科、警備隊和游擊士協會參與，組成了非正式行動小組，前往抓捕二人。
達德利搜查官、班寧斯、諾埃爾上士 、亞里歐斯四人來到遺跡，隨即開始第一場戰鬥。第一場戰鬥主要是教學過程，別忘了用道具或者達德利搜查官的幻系輔助魔法，探查怪物的情報。進入舊據點後，給羅伊德和諾埃爾裝備核心迴路，會在後面的戰鬥開始後兩回合有狀態加成，得到的核心迴路是xx和xx，攻擊力和魔防上升。然後四人一起開始探索洞窟，用亞里歐斯開路比較好，他的地圖攻擊范圍大，在地圖上把魔獸打暈後可以秒殺。
這個迷宮以中心平台為界分為兩大區域。 第一區域一開始向右走打開一個機關後，才能打開大門。 兩大區域各有一個低級魔獸寶箱，比較輕松。第一區域的寶箱是省EP1的迴路。到達中心平台之後，會追上厄內斯特原秘書和 哈特曼原議長 兩人，原來 哈特曼原議長是被厄內斯特原秘書擄來的，秘書會召喚出兩個魔導傀儡。這兩個傀儡魔防不高，主要是直線形攻擊，利用亞里歐斯的戰技可以輕松取勝。
戰勝之後，通道被震塌，小隊被迫分頭行動， 亞里歐斯和公務員先走一步，羅伊德和諾艾爾只能繞路前往最後的據點，羅伊德和諾艾爾學會合體技。。。第二區域也有一扇大門，需要向左走打開機關後才能打開。第一區域的寶箱是迴路「毒之刃」。打開大門後到達了迷宮最深處，兩人對戰魔人厄內斯特第一形態，靠藥和回覆可以磨死他，很容易打；達德利和阿里奧斯趕來匯合，四人對戰魔人第二形態，魔人的攻擊屬於面攻擊，注意站位分散即可，也不難打。
魔人第三形態因藥量不足而崩潰，羅伊德發動嘴炮神技，凱文神甫閃亮登場……最終，哈特曼原議長和厄內斯特原秘書雙雙歸案，眾人在阿爾泰爾市分手，羅伊德和諾艾爾回到克洛斯貝爾，新的特務支援科成員在車站到齊，羅伊德、諾艾爾、瓦吉、艾莉組成了新的特務調查科陣容，序章終結。
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【第一章 預兆~新的生活】
先到三樓將琪雅帶出門上學，然後去導力商店，售貨員小姐會贈送兩個核心迴路「利刃」和「 妖精 」，接下來就是核心迴路的簡單使用教程，之後我們戰鬥一場後再交任務就行了。然後去警察局報導，前台小姐說一科的艾瑪搜查官有委託准備交給我們，在警察局里找到艾瑪。根據艾瑪得到的情報雷克特艾萊德爾可能在帝國出現過，要求我們搞清楚情報的真假，有線索表示雷克特在後巷一帶出現。一行人來到後街，發現記者格蕾絲在尋找新聞線索，正在談話間，黑月商會的曹和手下走了過來，原來黑月商會准備收購處理魯巴徹倒台後遺留下的地產。意外的從格蕾絲口中得到雷克特在龍老飯店出現的消息，前往龍老飯店。在龍老飯店發現雷克特，雷克特金蟬脫殼，得到「龍老炒飯的食譜」和「料理手冊」，料理系統開啟。和門口的小孩洛依交談後得知雷克特去了廣場。和百貨店門口的利娜麗交談，知道雷克特進了百貨商店。與二樓樓梯處的肯交談得知，紅毛上了樓頂。在樓頂短暫劇情後，他又用繩索溜到了後巷。
完成導力商店的任務後會得到迴路「鷹目」。出了導力商店，得到科長的通知前往位於西克洛斯貝爾街道的警察學校。准備好後沿着西克雷斯貝爾街道前進，向着貝加爾門方向走即可。在途中遇到一隻紅發巨漢，他讓羅伊德觀察火車，然後會問火車上的乘客數量，他離開之後，眾人發現西克雷斯貝爾街道的魔獸屍橫遍地，應該是紅發巨漢的傑作。魔獸通緝任務強制終止。下一地圖會遇到巴士站，往下是警察學校的方向。穿過漫長的諾克斯森林道，來到了警察學校。觸發劇情，選擇交通法基本守則，科長為特務科成員配備了一輛導力車-蔡斯工房出品的飛艇級別的超豪華導力車，導力車系統開啟。大家開車回到克洛斯貝爾市後得知琪雅還在大聖堂沒有回來，就開車到大聖堂去接她回來，在大聖堂門口遇到了莉絲修女，交談後得知莉絲修女是來大聖堂報導的。眾人在主日學校找到琪雅後，才知道她現在升上了高年級班，將琪雅帶回家後一夜無話。
第二天早晨，淅瀝小雨，羅伊德發現琪雅又偷偷鑽進了自己的被窩（此處我想省略一萬字。。。）。第二天，檢查任務終端，出現了三個在市內做的短期支線。完成支線後到舊市街交換店打聽紅發獨眼巨漢的消息。在亞修莉的有限描述中，只知道巨漢是一個食人虎類的人物。出了交換店，眾人正准備離開舊市街，瓦魯多突然出現，他對瓦吉的不顧離去表示不解和憤怒，並向瓦吉提出挑戰，瓦吉告知他離開的真正原因並且使出真正本事將瓦魯多打倒，此戰只能瓦吉單挑，但是加上了無敵buff，輕松秒殺。清掃完第二天出的支線任務，才能繼續劇情。「調查可疑住戶」任務：一共三處住戶。住戶一：住宅街的可疑住戶「高貴之血」，發現只是幾個輕浮的青年，又在東街見到了遷居的原住戶本德先生。住戶二：舊市街的蓮花公寓一樓的房間。發現里面有人卻不開門，原住戶蓋特納老人已經遷居別國，發現里面是藏匿在此的落魄議員。住戶三：東街的釣皇俱樂部，發現原來釣公師團失去了此地的租賃權，他們邀請眾人去後街的爵士酒吧聚會。在酒吧里得到初級竿，釣魚系統開啟。
完成任務後，接到芙蘭的電話，告知瑪因茨礦山出現魔獸，請求特務科的支援。眾人開車前往礦山，和鎮長交談後，得知舊礦山封鎖的大門遭到破壞，里面有魔獸游盪。眾人去礦山一探究竟，出了鎮子向左上角方向就是舊礦山，沒想到剛進入礦山洞口就被炸塌了，眾人只好繼續前進。礦山沒有復雜的岔路，就是比較漫長，一直走即可，一條路到底。到了舊礦山的盡頭。在眾人准備返回的時候，一隻強大的仙女龍從天而降，辛苦蘭迪和蔡特前來支援，開始boss戰鬥，龍還是面攻擊，注意補血和站位即可，難度不大。磨死龍之後那些礦工才趕來救援，大家返回礦鎮，五人坐車趕回克雷斯貝爾，在吊橋上出現了小丑肯帕雷拉和另外一個白衣老頭，小丑宣佈了一個更宏大的幻焰計畫的開始。從蘭迪口中得知魯巴切的領地被獵兵團「赤色星座」控制的空頭公司所收購，眾人趕往後巷後，發現蘭迪的叔叔「赤色星座」的副團長和「赤色星座」的隊長謝莉.奧蘭多，他們告知蘭迪，他的父親已經在與「西風」的決鬥中同歸於盡，眾人歸於沉默。
第二章 西塞姆利亞通商會議
間章 難得的休息
經歷了蘭花塔恐怖事件的眾人收到了瑞貝卡的邀請來米沙拉姆療養地遊玩，在渡輪上羅伊德先後和眾隊員交談一遍，渡輪就兩層，很好找，渡輪抵達療養地之後，瑞貝卡安排上午先到海濱浴場，此時羅伊德可以先閒逛一下，也可直接到酒店一層，走右邊的出口即是海濱浴場，在浴場里羅伊德和眾位美女發生各種情節，有堆沙堡、沙灘排球、尋找純白之石:地圖正東面的海水邊緣線上也可以找到一塊，琪雅附近可以找到一塊，修利附近可以找到一塊、為美女塗防曬霜(。。。選人只關繫到好感)等。。激情過後，准備晚上的晚宴，艾莉告知羅伊德琪雅不見了，羅伊德獨自去尋找，1F與珠寶店前的艾麗潔對話，得知去別墅區尋找琪雅，前往 別墅區 （左邊的門出去），找到琪雅，發現她在迎賓館前回憶往事，羅伊德安慰她說會照顧她一輩子（這是什麼情況。。）。
前往主題公園（酒店北側通道）同緹歐他們對話觸發劇情，獲得5個票卷，可以跟任意想提升好感的角色去遊玩項目。全部票卷用完後觸發劇情，回到酒店，會與目前好感最高的角色組隊。半夜，羅伊德醒來，下樓時遇到利夏，發現她正在憂愁，羅伊德為她開解，這時琪雅出來，羅伊德帶琪雅回去睡覺，次日凌晨醒來後，發現琪雅失蹤，眾人追着神狼出門，此後進入BOSS戰。
戰鬥TIPS： 血量13000±的兩只幽靈怪，一隻魔吸收，一隻物吸收。攻擊方式為魔免怪單人物理傷害，物免怪與群體傷害2000±為主，水風免疫，弱土，能力減弱BUFF無抗性。均會召喚小怪，召喚出來的小怪和召喚怪同屬性。①上場後集中幹掉物理吸收的那隻放群體傷害的怪，如果用緹歐與大小姐的話，推薦使用空屬性的壓縮炮魔法，各自加ATS BUFF後傷害力拔群，其他人使用土屬性魔法即可……等級足夠的話兩輪齊放就可以把那隻怪打死。②魔法吸收的怪比較難削……不過行動力慢又吃各種能力低下BUFF和減速buff，基本不擔心會對我方造成威脅。注意如果等級比較低的話要給羅伊德與蘭迪加STR BUFF才能對它造成靠譜的傷害。另外如果有帶緹歐出戰的話……記得讓緹歐遠離這只怪，緹歐的普通輸出判定為魔法輸出，會給怪補血。boss戰後，噬身之蛇NO.0小丑肯帕雷拉正式登場亮相。眾人將琪雅尋回，休假結束。本章終。
第三章 胎動~眾獸的狂歡節！
第一日：在野外發現大量的幻獸，市政府將處理幻獸的任務交給了游擊士協會和支援科，支援科負責處理烏拉爾斯間道和的東克洛斯貝爾道的幻獸 。前往烏斯拉爾間道中間的分歧點，從樓梯下去後西北角即是幻獸所在地，地上撿到省EP2。※所在地地圖寶箱中有結晶碎片勿忘記回收。戰鬥TIPS：AGL BUFF上好……這boss可以昏厥，面攻擊，記得加飾品……如果怪開始蓄C技能，5500左右傷害，可以秒人，記得打斷就好，主要使用幻屬性魔法，別忘記調查資料收集手冊。戰鬥結束後調查藍色的花朵。前往租船小屋，短暫劇情後，遭遇章魚怪，章魚怪一種酸雨攻擊，物攻，全體掉3300左右血，附加debuff，魔法攻擊全屏6500左右，建議四名隊員至少兩人配出A-反射屏障，空屬性6，反彈魔法攻擊，反彈之後大boss就不剩什麼了。還有兩只小怪，會破壞魔法反彈，魔獸都是弱空屬性。（出去後會獲得第四把釣竿，用這把釣竿可以容易的釣起各種各樣的大魚，於是爆釣大賽……諸位懂的）。戰鬥結束後調查藍色的花朵，發生詭異的光芒，把花摘走。前往大教堂，從右側的門進到日耀教室觸發劇情，然後把花交給教堂進去後左側房間執勤室的大主教，向大主教請教藍花的來源，沒想到主教看到藍花之後神情大變，並且緘口不言。眾人離開之時遇到莉絲修女，出門，前往左側的宿舍，與莉絲修女對話得知這種花是傳說中的靈智之草。
第二日：提交過關於「 靈智之草 」的報告後，開始第二日的工作，羅伊德提出去工房探訪一下，眾人准備裝備後准備前往，人形工房，發現博士就是結社成員，不過無法接觸到結社更高層的秘密，並且告訴眾人一些關於結社的真實情況，三個問題可以各選一次。回到交叉點的路上有通訊接入，得知西克洛斯貝爾發生火車出軌事件，這里選擇直接前往事故現場，進入事故現場後發現現場什麼可疑，★開始調查事故：①同坐在石頭上的列車員對話，②調查火車頭側面（有感嘆號），③調查火車頭正面，④繞道火車內側去，最後得出結論，這次事故並非落石引起，具體原因需要進一步調查，就在這時聽的遠處魔獸的嘶叫，眾人立刻沿着聲音的方向追蹤而去，在去警察學校的路上，發現魔獸的種種蹤跡，從訓練場繩索處下到諾克斯森林中，再次發現詭異的力場扭曲和魔獸出沒。這里雖然路有點繞，但是只有簡單的岔路，岔路主要是寶箱，在路的盡頭發現了已經魔人化的瓦魯多，此戰可以輸，前面好好做任務的可以嘗試擊敗瓦魯多，瓦魯多擊敗眾人後，警備隊趕來支援，但也不是它的對手，魔人瓦魯多自行逃去。眾人回到特務科一夜無話。
第三日：早餐時，游擊士協會傳來消息，兩名游擊士失去了聯絡，准備裝備後前往協會。在游擊士協會得知兩人在調查幻獸和魔花之間的關系時失去了聯絡，眾人去IBC總部找到了通過艾格尼瑪調查兩人位置的辦法，在蘭花塔頂上緹歐通過先知系統調查到兩人現在位置位於東南方的濕地一代，眾人准備好裝備後到港灣區碼頭乘坐小艇前往濕地。到達濕地之後，遇上也來調查異常情況的銀，邀請銀加入隊伍，必須留下諾埃爾或者瓦吉其中一個暫時離開隊伍。濕地入口處有釣魚點X1，濕地主要分為三塊，在第二塊和第三塊進口處分別發現了二人，二人被奇異的紫花迷住，將他們交給留守的隊員照顧，繼續前進，在濕地的盡頭發現了三名結社的成員：小丑、第六柱博士、第七柱「鋼」，他們看到支援科眾人趕來，並不緊張，這時一隻幻獸飛來，向眾人襲擊。進入boss戰：這只boss：LV72、71520、異常全面、AT下降免疫，不過也不難打，吃負面狀態，最好戰鬥前准備抗毒首飾，一開戰用緹歐的S技加兩次完全防禦，其他慢慢磨就可以了，BOSS噴的毒霧也是魔法屬性判定，站位不要太扎堆就行了，其他沒什麼特殊需要注意的。打倒幻獸後，鋼向眾人挑戰，一槍劈開了銀的面具，正像大家所知道的那樣，莉夏就是銀，支援科眾人被鋼的能力和銀的真相所驚呆，處於小風，這時亞里歐斯帶領多位游擊士趕來支援，結社三名成員並不戀戰，他們只說自己為確認幻焰計畫進行度而來，然後瀟灑的轉身而去。眾人回來克洛斯貝爾市，接到達德利檢察官消息，「赤色星座」全員撤離了市區，正在大家猜疑他們的去向時，又接到了巡邏隊被獵兵團殲滅的消息。夜里，蘭迪悄悄准備離開，卻被瓦吉發現，但是瓦吉理解蘭迪的心情，因為他也是一個有故事的人。
第四日： 第二天，眾人發現蘭迪不告而別，只留下一張字條。羅伊德和眾人堅決要將蘭迪找回來，猜測蘭迪可能是准備以獵兵的身份向「赤色星座」復仇，就到交換店、修理店、巴魯卡酒吧尋找蘭迪的線索，得知蘭迪將自己當獵兵時的武器進行維修並採購了大量的彈藥，順序選巴魯卡–修理店–交換店，這時接到了曹的電話，約眾人到百貨大樓見面，見面之後，曹從眾人口中確認了銀的身份並且告知了蘭迪的去向。原來蘭迪去了瑪因茨山道，從山道瀑布滑索而下從背後進入了舊礦山，打算出其不意的襲擊獵兵團。眾人開車趕往山道瀑布，停車點選擇山道中間，穿過舊礦山山道，山道光線很暗，控制速度，過一座橋的時候被兩只獵兵團的魔獸偷襲，沒弱屬性，不過很好打，純屬戰前熱身。打過豹子不久就穿過了礦洞，看到蘭迪正在和獵兵團廝殺，卻被血腥謝莉偷襲，眾人趕緊上前營救，進入boss戰。boss：謝莉、兩雜兵、一隻豹子。謝莉攻擊3300左右，有幾率即死，建議先緹歐S級加兩盾，然後組合技秒掉雜兵和豹子，剩下謝莉加上減速，就可以慢慢磨血了。輸出高的配置完全可以搞掉謝莉。謝莉和獵兵團成員很快就撤退了，眾人這才發現不對勁，這時大家看到遠處克洛斯貝爾市內燃起了熊熊大火。
第四章 前途未卜的克洛斯貝爾！
克洛斯貝爾市內，劇場中、警察局、IBC大樓、舊市街處處燃起了烽火，獵兵團向市內各處發動了襲擊，非常多的人犧牲受傷。特務科敢去IBC大樓進行支援，在大樓前遇到了逃出的人群，左邊的人給藥，右邊的人回血，往前走就會遇到「赤髮戰鬼」西格內多.奧蘭多，這是一場限時5分鍾的戰鬥，即使你一動不動可以，或者選擇試圖幹掉戰鬼，不過一週目難度很大，現階段裝備情況下戰鬼一下6w多，毫無還手之力。IBC整棟大樓都被炸燬，赤色星座全體乘坐飛艇離去，而留下了克洛斯貝爾一片廢墟。
第一日：特務科成員在准備幫忙之餘， 前往醫院看望受傷的芙蘭，在同醫院前台對話。按順序前往301號房、302號房、303號房探望受傷的眾人，答應尋找失蹤的莉夏，前往304號房，小滴不在房中，到天台後跟小滴對話得知琪雅行為有點反常（對話兩遍可看到更多信息），離開醫院時接到約拿的電話，他要求特務科帶他去位於地下空間C的控制室，准備好裝備之後到碼頭燈塔處見到約拿，約拿準備從地下區域C進入控制室，要求特務科保護他過去。地下區域C中小怪大多是火屬性，記得裝上防燒傷的飾品，可以配出較高級的水屬性魔法。在紅色火焰地區穿行需注意，人物會受到不同的程度的傷害，儘量不要在該地區遇敵。到了地下區域的終點，突然沖出來一隻智能機器人，進入boss戰。boss：會召喚小機器人，火傷害。主要風屬性和水屬性魔法即可，另外boss會自爆，自爆傷害5000+,而且boss會把人物吸到自己身邊，要麼加盾，要麼注意血量，最後一下時刷滿血或者跑位。打完之後左邊的門坐升降梯回到地上空間。
一週之後，傳來了驚人的消息，迪特市長宣佈克洛斯貝爾市獨立，成立克洛斯貝爾獨立國，自任總統，由亞里歐斯任國防軍最高長官，並且以各國在克洛斯貝爾市的財產要挾各國承認克洛斯貝爾獨立國的合法性。帝國和共和國震怒，大戰一觸即發。特務科成員決定到游擊士協會探聽事情的究竟，得知亞里歐斯確實在國防軍中任職去了，並且辭去了游擊士協會的工作。這時接到了一個故弄玄虛的電話，原來是雷克特到了克雷斯貝爾，並且邀請眾人到魯巴切商會一見，眾人趕到商會，見到了雷克特和霧香得知「赤色星座」襲擊克雷斯貝爾並不是帝國的主意，羅伊德嗅到了陰謀的味道。塞爾茜打來電話，亞里歐斯帶走了琪雅，他們去了米修拉姆療養院。眾人收拾裝備之後趕往米修拉姆。此時的米修拉姆彌漫着靈壓的氣味，到處開滿了靈智之草。眾人趕往鏡之城。先後遭遇了前面遇到過的三隻幻獸：靈獅、章魚怪、仙女龍。靈獅很一般，注意抗毒，章魚怪主要加好魔法屏障，仙女龍更廢柴。。。按照老打法即可。以上三場劇情戰如果感覺每場都消耗挺大的話可以每打完一個回酒店二層睡一覺回滿。進入鏡之城後開了左右兩側的門，走哪一條都可以，記住上樓就行了，上到頂樓原來的許願鏡那里，這時准備好裝備，後面boss戰，當然不准備也無所謂，因為一週目很難幹掉風之劍聖的。穿過鏡子，看到了令人驚嘆的空間。瑞貝卡和亞里歐斯守衛在琪雅的前面，原來一切事件的起源是瑞貝卡家族的淵源。失去了空之女神至寶的xxx家族利用家族的力量尋找並要創造新的至寶。boss戰：風之劍聖：亞里歐斯。。很難打。此戰可以輸。空中傳來了帝**和共和**大舉入侵的景象，琪雅為了整個城市，選擇了喚醒自己的能量，成為了比幻之至寶更為強大的零之至寶。賦予了琪雅強大力量的三架智能人形兵器擊潰了進犯的軍隊，迪塔市長的野心開始無限膨脹。
斷章 跨越虛幻的樂土
人形兵器已經零之至寶的出現，改變了整個塞姆利亞大陸的格局，帝國陷入了戰亂之中，共和國掀起了恐怖主義的浪潮，小國和中立國都加入了以克洛斯貝爾為首的聯盟。克洛斯貝爾也發生了翻天覆地的變化，而此時羅伊德被囚禁在警察學校改造的拘留所中，對自己的未來頭一次感到了迷茫，他和加爾加諾關在了一起，在戰鬥巨熊的鼓勵下，他決定振作起來，逃出拘留所，找到同伴並把琪雅救出來。他和加爾加諾略施小計，把牢房的門騙開了。此時羅伊德身上無裝備無道具無迴路，只能使用戰技和普攻。一般先用加爾加諾的50%氣絕的戰技打暈，然後羅伊德放心攻擊，一路A過去就是了，注意收集房間的藥物。在離開拘留所前撿回所有的道具。離開拘留所後，戰鬥巨熊離開隊伍。羅伊德獨自一人逃亡。在國防軍的追擊下，羅伊德逃入了諾克斯森林。在森林的盡頭被團團包圍。本來已經以為走投無路，結果幻獸化的蔡特出現了，原來這才是它的真身。在蔡特的幫助下，羅伊德逃到了與共和國接壤的邊境上。遠遠望去，克洛斯貝爾市的上空籠罩上了巨大的結界。羅伊德決心返回克洛斯貝爾拯救被困的夥伴們。這時，瓦吉、阿巴斯、凱文、莉絲一同出現，原來他們都是星杯騎士團的騎士，潛入克洛斯貝爾調查上古至寶的下落。他們決定協同羅伊德改變克洛斯貝爾的命運。眾人上了教廷專用的飛艇，向結界中的克洛斯貝爾駛去。
終章 即使這樣，我們也……
眾人先前往阿爾摩里卡村，從村長處得知哈囉德留在了村里，然後去白蠟亭二樓，找到哈囉德一家，他告知眾人古戰場處有一股反抗軍。羅伊德一行前往古戰場，尋找反抗軍的蹤跡。來到古戰場向太陽堡壘的方向前進，在第三張圖的開始處，遭到獵兵團的伏擊，進入戰鬥。犬2、赤色星座大劍、赤色星座機關槍，速度快，最好利用提前准備的合體技或者爆靈槽解決戰鬥。打倒之後，黑月成員以及莉夏出現，羅伊德將伊莉雅的話帶給了莉夏，莉夏決定離開黑月，協助羅伊德進行戰鬥。莉夏加入隊伍。
打倒軍犬後需要穿越瑪因茨山道，山道中有地雷，貼地道邊走或者用緹歐攻擊開路即可，里面魔獸不多。出隧道過完橋後不久會觸發軍用犬X6+支援狙擊兵的，所以推薦事先整理好裝備以及存盤。狙擊兵有即死效果，記得整理飾品。推薦使用爆靈寶玉加爆靈槽結束戰鬥，弱水屬性。戰鬥結束後，蘭迪回來，原來蘭迪一直在瑪因茨間道這邊打游擊，蘭迪歸隊。格蕾絲記者跟隨大家到了梅爾卡瓦上。
在西克洛斯貝爾發現了着落點，前往貝加爾門，眾人發現戒備森嚴無法前進，折返克洛斯貝爾方向，在火車出軌現場處向貝加爾門方向前進，從已經停運的貨車軌道進入了貝加爾門。准備上二樓去見索尼婭司令，結果遇到了嚴陣以待的諾艾爾。進入戰鬥:諾艾爾：此戰羅伊德單挑，諾艾爾主要是普攻，s技，技能會造成羅伊德AT下降，可提前准備飾品規律徽章，其他無難度， 諾艾爾不會嗑藥，磨死就行了。戰勝諾艾爾之後，索尼婭司令邀請眾人到辦公室交談，她否決了警備隊直接協助眾人的可能性，但是提醒大家如果獨立王國的合法性受到了動搖的話，警備隊將保持中立。眾人決定去米修拉姆尋找艾莉歸隊和麥克道爾議長。 連續五場boss戰，第一場槍兵x2 斧兵x1 魔獸x3，魔獸弱水火屬性；第二場槍兵x2 斧兵x1 魔獸x4，第三場槍兵x2 斧兵x1 魔獸x3 ，第四場魔獸x3， 赤獅 x1，赤獅弱土屬性，第五場槍兵x2 斧兵x1 赤獅x2 ，沖進房子之後，進入最後的戰鬥，是三台機甲，一大兩小，戰勝之後解救出來最後的艾莉以及麥克道爾議長。
大家決定先通過議長通過導力網絡發表演講來瓦解國防軍的軍心為後面的反抗戰鬥提供便利，之後大家可以在飛船上進行相應的隊伍編組。後期需要特定的隊伍編組。人偶工房傳來消息，關閉月之僧院、星見之塔兩處的大鍾共鳴也許可以解除克洛斯貝爾的結界。先前往月之僧塔，打敗入口處的機甲可進入塔里。想要進入教堂深處，需要打開兩處的結界門取得水晶才能打開進入最後的區域，此兩處的結界。第一處需要到達左部入口進入地下墓地，來到最底層自動進行戰鬥的機甲處，打敗機甲；才能解鎖左部的結界門；之後在左部深處左邊第二個房間可以找到水晶。而右邊的門，在上層右部出口進入的廢墟花園，中部的強行機甲BOSS作戰處才能打開，之後進入右邊的結界可以得到另一個水晶。將所有的水晶放置在中間的祭壇即可。到了月之僧院的最深處，見到了小丑肯帕雷拉，與小丑的BOSS決戰，小丑一直處於自身魔法反射，此戰需要提升防禦+魔法反射+普攻，或者將小丑的魔法准備打斷，注意不要讓緹歐普通攻擊，會被反彈。戰勝小丑後將鍾的共鳴停止。之後來到星見之塔，按照指示分別擊破三層的守護騎士即可來到最高層，迷宮不復雜。注意沿途的很多寶箱都是終極裝備的獲取來源，可以裝上迴路「探知」。來到最頂層的深處，將兩個光玉放置在中間的天平上面打開通往boss的決戰道路。與boss鋼之聖女的決戰。本場戰鬥無疑是難度最高的BOSS作戰。第一階段，玩家務必長期使用魔法反射和高護盾提升魔法技能來避免被boss的S戰技秒殺。當其HP降低到一半以下，其面具會掉落；此時玩家如果被擊敗也可繼續進行劇情。第二階段的招式和第一階段一樣，玩家可以採取相同的作戰策略之後大家停止了兩處的大鍾和克洛斯貝爾的結界也得以消除，反抗軍開始從數條路線開始總攻來為大家進入克洛斯貝爾市區作戰提供掩護。 而大家的老熟人約修亞也帶着玲和艾斯蒂爾一起趕來支援大家對付終極機甲的行動，而進入市區不久，大家又遇到了數次強力機甲的圍攻，之後達德里指揮官趕來救出了大家並且加入眾人的隊伍，一行人從地下通道來到上層一路回到支援科總部取回了汽車。收到消息雷克特希望大家來到南部的站台交換情報，之後大家進入蘭花塔。蘭花塔一開始玩家只能從21F到30F進入，沿途會有不少的魔獸；而一些結界則需要通過打開指定的開關才能通過。而且平台上會有閃電會消耗人物的HP和EP，必須要注意一下，之後兩個大機甲成功被援兵摧毀，而大家也來到塔頂見到了迪塔總統與之進行決戰。迪塔總統駕駛終極白色機甲開始與眾人決戰，進入boss戰。由於boss的戰鬥可以完全破物理防禦魔法，所以可以准備魔法反射來反彈BOSS的傷害，之後幕後黑手暴露，原來之前的伊安律師和貝爾才是幕後的所有策劃者，而平地而起的碧之大樹將是最後的決戰之地。建議再次進行完整的補給來確保後面遊戲的順利進行， 碧之大樹的分叉比較多，但是仍然是一條路居多；總體不是太復雜，注意沿途其特殊顏色的寶箱，打敗里面的魔獸可以獲得高級屬性的晶石和終極裝備。
進入碧之大樹，建議將莉夏和瓦吉代入隊伍方便以後進入結界。這里注意兩件事就夠了：第一，寶箱儘量都開，好藥、好裝備、好迴路、機關鑰匙之類的。第二，遇到機關能開就開，岔路有，但是不會太繞遠，而且會有箱子作為補償。①進入色之領域隊伍里需要有麗霞。②進入象之領域隊伍里需要有瓦吉。③進入業之領域隊伍里需要有蘭迪。④進入戒之領域隊伍里需要有羅伊德。只需要在PT中即可，不需要是出戰成員。當然你也可以臨時回到飛船進行隊伍重組。 第一個結界，象之領域， 該領域無數的雷電會消耗玩家的EP，但是迷宮並不復雜；最後的區域需要玩家使用攻擊打破碎石才能進入, 之後則是與魔人瓦魯多的決戰。本BOSS戰鬥則是簡單的全體物理防禦提升，而之後先解決兩邊的雜兵在集中圍攻BOSS即可. 第二個色之領域，這里需要不斷的變化水晶打開前進的道路；玩家隨便亂走也能到達最後的boss戰區域後則是與謝莉的決戰。各位玩家要裝備上即死的裝備–神聖之鏈，其他很容易。 之後是很長的一段路，進入到大樹的內部，第三個區域是業之領域，之後則是與西格蒙德的決戰，在其引誘下蘭迪沒有迷失自我。這次的戰鬥和以前的策略一樣，玩家注意多使用爆發集中力量幾個回合打趴下該對手即可 。最後一個則是戒之領域。這個也很簡單，分別開啟特殊寶箱打敗里面的魔獸取得銀色，金色，銅色，黑曜石的門鑰匙，打開四層通道進入最後的戰鬥。亞里歐斯將這一切發生的緣由和所有內幕和盤托出，以及羅伊德哥哥的死亡細節，原來真正的凶殺是伊安律師。下面就是是與風之劍聖的最後決戰。與亞里歐斯的戰鬥則是讓艾莉和緹歐在後面加血加提升閃避的屬性，而羅伊德和蘭迪則是肉盾車輪戰一樣的吸引其作戰目標；重復慢慢耗死他。同時也要注意加強你的物理防禦避免被秒殺。
眾人來到控制琪雅的最終地點，瑪麗亞解釋了碧之大樹的真正目的，就是改變時空改變因果從而創造一個完美的世界，操控因果律。。。之後則是與瑪麗亞的決戰，這算是最難的一場。瑪麗亞只釋放S戰技和魔法攻擊，而且玩家的作戰環境被孤立到四個點。所以玩家迅速集中，之後將自己的魔法防禦和物理防禦不停的加到最高，並且使用魔法反射抵禦其瘋狂的攻擊。之後琪雅在瑪麗亞刺激之下化身為瘋狂的怪物，碧之神與大家進行最後的戰鬥。第一階段下，招的小怪如果沒有一次被秒掉的話會觸發boss無限時空循環回血，所以這一戰比起boss來如何一次性秒掉4隻雜魚成了重點。否則神會不斷的使用時間輪回吸收殘余的雜兵恢復血量，清掉小怪之後就是一隻沙包，隨意蹂躪即可。第二階段則講究高速度，boss血厚速度快，還附加各種打斷技和消滅技，玩家一定要全程開動爆發狀態快速用最強大的戰鬥技能殺死boss，拖延太久會被神的超級爆發終極技能全部秒殺（一旦到這一步，之前最好準備土人偶，至少保證留下一個活口）。通過卡boss的無神無虛這一技能來限制boss的輸出，有防禁魔的隊員發動小魔法來吸引boss使用技能。反復如此就可以安全順利的對boss進行輸出，同時削減boss血量。最後，羅伊德發揚自己的老好人風格，沖進虛幻世界中救出了琪雅，也遇到了死去的哥哥；大家帶着受傷的同伴逃離了大樹，伊安律師被打成了重傷，而貝爾決定接受結社的邀請，成為使徒。
然而最終克洛斯貝爾陷入了帝國的占領，下一部作品的舞台轉到了帝國，真正的「幻焰計畫」即將登場。
來源：遊民星空
