圖書館的三本書要先看看。按書櫃左邊的畫，出現進入瞭望塔的通道，在圖書館的海島地圖上點住瞭望塔，旋轉指示線，等到出現紅線，表示瞭望塔已經對准謎題的位置。這時登塔，就可以在牆上看到解謎的提示。(只有有去調查過的地方才會出現紅線) 先調查星象館，之後到圖書館調查地圖。 將紅線對准沉船，之後登上瞭望塔可以得到三組日期。
到星象館躺在椅子上調查這三個日期的星座，記下後到圖書館查書可以知道是葉子、昆蟲、蛇這三個星座， 到館外按下這三個圖形的按鈕，水池中的沉船模型便會浮起，此時港邊的沉船也會浮上來進入船中調查書便可前往石船時代。
先調查燈塔會發現有大量的積水及一隻小鑰匙，出燈塔後前往另一方會看到三個按鈕，分別為
1.蓄水
2.排山洞中的水
3.排燈塔中的水(由左至右)
先按3之後進入燈塔往下走可以看到一個箱子將箱子中的水放掉後，到外面按1灌水到燈塔箱子浮上，就可以開箱取出鑰匙。 上燈塔，旋轉發電機，燈塔的燈就會亮了。
到山頂上的望遠鏡看看，就看得到燈塔座標為135度。進入山洞往里面走，中途的門里的走道中有個像羅盤的地方按135度。(依進入的地方不同位置會有左上及右下兩種，如果按對地方就不會停電)往山洞深處走就可進入小房間在這里可以拿書頁。兩邊山洞進入的房間不一樣書頁也不同，其中較明亮的房間里可找到半張白色文件，請把內容記下來將來會用到。出來後去按1船底就會出現密室，調查書便可回神秘島。
在圖書館調查地圖，將紅線對准飛艇，之後登上瞭望塔可以得到一個電壓值。依瞭望塔的提示到地下引擎室照牆上的順序按1。2。3。5。6。9。10六個鍵（其他組合也可以得到59V的電壓），此時的電壓便能啟動飛艇的引擎。進到飛艇中，依照圖書館藏書中的提示彈奏，順便把順序位置記下。(不分黑。白鍵，由左而右數位置)之後到另一方調音階，順序為:
到屋子的里面(房間與房間中央)會看到一個紅鈕，按下後會有階梯出現。到下面後轉動開關，使記號變換成紅色的。然後回到上方，再按一次按鈕便可進入升降梯內。到達上層時按中間的按鈕，趕緊跑到外面，之後升降梯會下降。調查後會發現有可轉動的機關，轉動後離開升降梯會自動升上來。出到外面可以看到景色變了，原本剛才是用來轉動屋子方向的機器。往外走到盡頭可以看到2/4的密碼，記下後再轉動房子一次，可得到定另外2/4的密碼。
將房子轉回一開始的位置，走到最初來的地方輸入密碼，底下就會出現階梯，下去後，調查書便可回神秘島。
在圖書館調查地圖，將紅線對准木屋與神木，之後登上瞭望塔可以得到一個密碼。
進入小木屋後，在牆上的保險箱輸入密碼7。2。4。
打開後可得到火柴，點燃後放到爐子的小孔，之後轉旁邊的轉盤。先轉右邊(游標綠色)轉多圈一點，然後轉左邊(游標紅色)轉多圈一點，之後馬上沖到外面到神木前，此時如果看到一個樹洞往下降便是成功。進到樹洞中會被送到下面去，里面有書，進入書中可到水與樹屋的世界。
先到小島上把水塔的開關(在下方)打開，然後把水引到升降梯的方向(離小島較遠那個)。
進到升降梯到上方，去找一個里面有’拉把式開關’的房間(重要!!一定要找到)。
拉下開關後可以開另一升降梯旁的門，從那個門往下走，將水引過來。
再回到上方，此時這個升降梯已經可以使用。
進入後到更上一層，往前有兩個房間，往後有一個房間，在這一層可拿書頁。
進入後方的房間調查，可得到半張文白色文件。將內容記下與之前得到的合並，可得知重要的訊息。到最下層將水引往抽水機，拉動抽水機開關便會出現道路。走過去後到分格開的水管旁轉動手把，把水管接續起來，然後再把水引過來，此時便可啟動升降梯。進入後調查書便可回神秘島。
經過長期冒險後，終於過完每一個島(每一本書)了。此時哥哥或者弟弟(紅書和藍書里的人)，會告訴你還須要一張書頁才能救他。這張書頁就藏在壁爐里，先翻書查看第158號密碼，然後進入壁爐中輸入。里面會有紅書頁。藍書頁各1張及一本綠書。不管你先前有沒有拿書頁，只要這里的書頁一放進書中，書中的人便會得救。不過他們兄弟兩都說對方是惡人，並說不可碰綠書，要不然會被吸入書中。
為秉持着冒險精神，主角(就是你)打開綠書來看。沒想到書中關的竟然是他們的父親!聽完他的說明後，他會要求我們去拿白色的書頁來救他。記得那兩張半張的白色文件嗎?那就是取得白書頁方法的說明。首先把神秘島上的所有指示開關打開(鍾樓旁的也要)，然後回到港口，將指示開關關上即可，白色的書頁就會出現。之後因決定而結局分岐。
拿到白色書頁進入綠書拿給老人後，在原地等老人回來，接着將游標指着桌上的神秘島這本書便破關了。(好結局)
將紅色書頁拿給哥哥，結果自己被吸入書中， 而且書頁被哥哥一張張撕掉!(壞結局)
將綠色書頁拿給弟弟，結果自己被吸入書中， 而且書頁被弟弟一張張撕掉!(壞結局)
(1)7次上 (2)19次上 (3)22次上 (4)12次上 (5)6次上
完後上方便會出現書，進入後可到聲音的世界。首先到各處把聲音及圖像記下來，順便拿書頁。
然後到觀測台依聲音與座標的關系調整座標， 可以解出開門用的聲音順序，順序為:
(1)5次下 (2)最底下 (3)不動 (4)6次下 (5)7次
打開門後便可以到地下鐵路網，走出這個迷宮後調查書就可回神秘島了。
地下鐵路網要走一段時間所以一定要有耐心。
車子停在轉向站時會有聲音，這個聲音就是代表下次要走的方向。其實只要停止時有聽見聲音，便表示走的方向正確。如果沒有就要退回上一步換方向重走，照着這個方法就一定能成功走出去。
在圖書館調查地圖，將紅線對准鍾樓，之後登上瞭望塔可以得到一個時間。
到鍾樓前轉動大小兩個轉盤，將時間調成2:40即可進入鍾樓，進入後把數字轉成2。2。1，此時港邊的齒輪會轉動，里面有書。進入書中便可到湖心機關屋。屋中的房間有分惡魔房及高貴房，兩間的隱藏房間都是在倚子的右下方，仔細調查就找的到，里面就放着書頁。
來源：遊民星空
