「英雄內戰」的影響下，神盾局在聯合國的規定與《索科維亞協議》的連帶責任，回歸成為美國政府的直屬機構，遵循著未經聯合國許可與監督不可擅自行動的約束。這項法案使得眾人的行動變得不自在，人工智慧的製造也受到不小的衝擊。悄悄隱退的黛西，開始利用自己的特殊能力「震波」維持街頭秩序，卻也造成了市民的恐懼。此舉儼然違反聯合國的規範，而考森由於卸下了局長一職、變回一個普通特工，因此只能無動於衷地聽從新上司的安排。與此同時，一個類似於異人的「幽靈騎士」在街頭現身，除了黛西想一探究竟外，神盾局也不遺餘力，揭開這位私刑者的神秘面紗。另一方面，神盾局之前結識的超人類主義學家霍登·雷德克里夫，開始著手研發另一層次的人工智慧，而他的成果也會掀起一場風暴。
第1集：黛西終於追蹤到惡靈騎士
為失去林肯而失意的黛西，依然每到晚上，會懲惡鋤奸。這天，她在對付一幫劫匪時，親眼目睹了一起異人殘酷殺戮劫匪的場面。她看到他頭冒著火光，鑽進冒著火的車里，疾馳離開，她看清楚了他的車和牌照號，緊跟而去。
菲爾和邁克乘坐在和風一號里，正無聊地下著棋，聽說有任務，想起能見到梅、菲茲西蒙斯時，還挺高興的。梅告訴了他們任務，有兩個平民死狀慘烈，頭被燒爛，脊柱從腔里刺穿，情況迥異於常，他們要查出真相。梅接著告訴他們，還有第三名傷者，他提到了黛西。黛西被警方認為涉嫌多起銀行劫案並炸毀大橋，如果被他們找到了黛西，是准許射殺的。警方懷疑菲爾邁克一直在包庇黛西，所以撤銷了他們對黛西的追蹤。梅提前告訴他倆，是為了爭取爭取些時間，趕在警方之前，找到黛西。他們身為曾經的同事，太了解黛西了，她一定是在設法切斷那些劫匪的資金源。
菲茲西蒙斯醉心於研究，西蒙斯已升任科技部部長特別顧問一職。當菲爾邁克找到他們時，菲茲將新研製出的爆炸鋼筆、和為菲爾新製作的手臂交給了他們。
這四個劫匪屬於雅利安兄弟會，現在還有一個下落不明的，在那個異人手里，這是僅餘的一個活口。
菲茲發現了博士研究的一個極為逼真的女機器人艾達，按規定他應該上報，因為博士還在被監管期，不允許他搞這些研究的。但博士讓艾達告訴了菲茲，博士為他曾造成的遺憾痛苦，她是為保護特工們而造的，代為涉險的護盾。
埃琳娜暗中跟黛西有著聯繫，她們在公交車上見面，埃琳娜將她將見了邁克，從神盾局得到的特效藥給了黛西，因為黛西在追蹤劫匪時骨折過。黛酣告訴她，她在查武器交易時，發現監查者跟本地黑幫勾結在一起，還發現了一個連環殺手，不過她還沒清晰地看過他的樣子。
噴著火的異人，被當地人稱作惡靈騎士。凡見過他的人都死了。菲爾和邁克找到了那輛案件中的大卡車，並在里面發現了屍體。
西蒙斯成為部長的紅人，梅對此表示了不滿。她覺得現任局長是有意將神盾局的人打散，而西蒙斯卻對這樣的部長盡責。西蒙斯終於告訴她，她這樣做，正是為了獲得權力，以便能稍稍控制局面。因為是總統下令分散神盾局的。她只能採取合適做法，繼續得到部長信任，才能為昔日戰友們做些事。所以，她要梅現在帶人將菲爾和邁克找回來，清理麻煩。梅理解了她的苦心，同意了。
黛西追蹤到了廢車廠，想找惡靈騎士。他平常只是一個普通的廢舊車庫的工人，名叫羅比。黛西遇到他，沒有認出來，還向他打聽著，羅比將她帶到了辦公室，準備伺機下手。黛西發現後，兩人都在了一處。
菲爾邁克追蹤到了交易者。在監視器上看著那些人打開了箱子，一陣煙霧飛過，所有人突然變得異常。這時，監控畫面斷了。畫面再恢復時，兩人發現了那些人正在相互殘殺，正要趕過去察看，梅帶著人到了，她的人將那些附體的人射殺後，一個霧狀的人影從梅的身後飄過。
黛西制服了羅比，告訴他你不該決定人的生死，但羅比渾身燃著火告訴她，不是我在決定。再站起來時，他已化身為傳說中的惡靈騎士模樣，將黛西壓到了地上。始終為林肯之死心懷內疚的黛西，其實一直在求死，所以她毫不懼怕，叫他動手。聽了她的話，惡靈騎士反而放過了她。
黛西遠遠地用望遠鏡觀察著正常了的羅比，他正在接他的坐輪椅的弟弟，和善而親切。每個人都有依戀，黛西喃喃地說。
跟菲爾下著棋的梅突然神色一變，菲爾問她怎麼了，她說只是有點累。
第2集：惡靈騎士再現身救菲茲
菲茨和西蒙斯正在研究著那個讓六個人瘋掉、相互殘殺的空箱子。菲茨測出了常規可見光範圍內不可見物體的形狀，它非常美，水晶狀結構，像是封鎖力場，西蒙斯正在揣測著它到底封鎖的是什麼時，邁克來了，說有一家人來了，其中那個爸爸有鬼魂穿過了他的身體。西蒙斯不太相信，邁克打開了交易者當時的錄像，確實能看到影影綽綽地有個霧狀模糊的女人形。
造這個空箱子的合金非常特別，全世界只有三個地方的衝力實驗室有過。邁克說見鬼的這家人，就在其中的一個實驗室所在地。於是，菲茲跟邁克趕往這個衝力實驗室查看情況。
修車廠的羅比，看到黛西的車來了，覺得她是來對付他的。他拿了鐵棍打開車，什麼也沒發現。回到辦公室，發現黛西正跟同事愉快地聊著天。黛西說她的發動機著過火了，羅比替她看了下，卻說沒什麼事，並警告她說如果繼續追究，可能會死。
黛西假作跟羅比的同事聊天，將羅比的早年往事一一道出。當羅比說修好了車的軟管時，黛比馬上又將車弄壞。
黛西找林肯是想說服他。她覺得他們一樣，只是想復仇的異人。但林肯說他已將靈魂賣給了魔鬼。黛西提起了他的弟弟，想喚回他的人性。林肯反而發怒了，開始向黛西攻擊。
黛西被羅比捆了起來。他不想殺她，而是翻查著黛西的東西，想了解到她一心求死的原因。當羅比聽到黛西提起了衝力新能源實驗室，說擔心光頭黨的人又從那兒偷到什麼新武器時，羅比突然站起來用膠帶封住了她的嘴，起身離去。
羅比開了車出去，黛西掙開了繩索，追了出去，貼附到羅比的車頂上。羅比最終甩掉了黛西。
長會見了菲爾和梅。他要將神盾局公開化，所以非常注重公眾關係和形象。他顯然覺得黛西搶劫銀行的嫌疑，對此不是個好事，他想說服菲爾，同時，他讓梅先離開，單獨交給了菲爾一個特別任務。他請菲爾幫助，帶領國會議員參觀秘密基地。
那個一直在錄像中呈現霧狀的女人形，也能出現實體。此時，她穿越進衝力實驗室後，看起來只是個面目憔悴恐怖的普通女人，她打開了一個空箱子，一陣煙霧起，凝聚成一個男人。她叫他雨果，雨果則叫她露西。原來，他們，還有他們的其它四個夥伴，都是被困在這些個空箱子中的，他們商量著要找到那個把他們置入如此困境的始作俑者喬，然後逆轉局面。
菲爾跟著科技部部長，帶國會議員們參觀秘密基地，他十分樂意地向大家講解基地的歷史。從梅的面前經過時，梅卻突然看到議員們的臉一剎間有些異樣，變得就跟她見過的鬼魂人一樣。
她去找到那個被捕的交易者，告訴他自己也能看到那些人，現在她跟他一樣。正說著，西蒙斯來了，梅看到她的臉也如同鬼魂，頓時吃了一驚。
那個被捕的交易者突然之間用頭撞門，直到撞出了血暈到地上。西蒙斯吃驚地看著，跟梅說話，扭頭一看，梅已不見蹤影。
聽西蒙斯說梅有些不對勁，菲爾去看梅。梅正在忙亂地收拾東西，她告訴菲爾說基地被滲透了，她的想法救他們所有人。現在她的眼里，人人都是被感染了的鬼魂模樣，就連菲爾也是，她大打出手，正要奪路而逃，科技部部長堵住了門，任梅如何擊打也毫無作用，最後，部長出手暫時打暈了梅，和菲爾相視一笑，原來他也是異人。
菲爾想知道部長怎麼治療梅和黛西，部長說這是機密。因為菲爾在她倆人的事上不能保持客觀。
邁克、菲茲到實驗室後，很快發現情況不對。菲茲正在設法關掉那個反應熔堆時，邁克被鬼魂人襲擊，關進密閉房。鬼魂人正一步步向菲茲靠近，凡是被他們靠近的人，最終都會發瘋。這時，羅比趕到了，一把將那人鬼魂人揪開，渾身燃起火來。黛西也趕到了，將邁克的門打開，菲茲急忙去繼續關閉反應熔堆。
化身惡靈騎士的羅比，燒死了鬼魂人。將六個人的合照抓起，沒理睬邁克菲茲他們，徑直離去。邁克想去追趕，黛西阻止了他。黛西並沒有選擇留下來，跟昔日的戰友們在一起。她回到修理廠去開車，這時，羅比回來了，說你想知道這一切的關聯，黛西說是。羅比說可能是我。他打開了他的車門，示意她上車，黛西見狀坐了上去。
第3集：神盾局再立功勳回歸公眾視野
在邁阿密，悠悠球埃琳娜正在參加朋友聚會，邁克打來了電話。突然間全城斷電，很快收到了肇事者們的警告。他們自稱是異人反抗軍，要求政府停止異人註冊，恢復異人們的正常生活。
梅正在疾控中心里被監控著，菲爾不知道她身在何處，擔心著她，希望她挺過難關。他詢問西蒙斯梅現在在哪兒，西蒙斯由於制度所限不能告知。但梅顯然情況很危急，疾控中心解決不了她的問題。為了挽救梅，西蒙斯得到部長同意後，帶人趕到疾控中心。菲爾也想一起去救梅，但部長派菲爾趕往邁阿密。
黛西和羅比一起乘車去找他的叔叔，叔叔曾在動力實驗室工作過。正給車加油時，洛杉磯也突然斷電了。羅比頓時擔心起弟弟加布的安全。加布是被黑幫分子所害才坐上輪椅的。
博士也趕往疾控中心。他和西蒙斯商量著梅的情況，考慮使用博士剛研製的經顱裝置來解決問題。按慣例來說，梅離死亡只剩下不到六個小時的時間了。他們為梅戴上了經顱裝置，拿出了使她陷入戰鬥狀態的刺激物。
為了徹底拯救梅，他們只能以極端冒險的手段，停掉了梅的生命體徵，在七分鐘內，對她大腦進行重啟，電擊激活。偏巧這時，突然停電了。西蒙斯拚命為梅手動按壓心臟，祈禱著她能醒來。教授用原型機才使梅絕處逢生。
異人反抗隊已按他們所言，使四個都安置著異人的城市斷電了。菲爾和他的隊友們分析著情況。菲茲判斷他們使用的一定是電磁脈衝裝置。
斷電的洛杉磯陷入了騷亂。加布被一些暴徒盯上，幸虧羅比和黛西及時趕到，將加布從暴徒們手中解救。搏鬥中，黛西的手臂再次骨折，羅比想幫她弄些藥。他告訴黛西他不會受傷，無論受了什麼傷，第二天都會完好如初。
他讓黛西跟加布一起呆在叔叔的房間里。叔叔養大了他們，現在在住監獄。加布並不知道哥哥的秘密，羅比告訴黛西要替他保密。他要趕去加諾洛那兒。但加布看出了黛西是個異人，他讓她離哥哥遠點兒。
一幫人持先進槍械全副武裝地闖到了埃琳娜朋友們聚會的樓頂上，聲稱此處有一個異人，要找出來。他們對在場的人施暴，為保護他們，埃琳娜暴露了。
菲爾邁克菲茲他們一到邁阿密，所有電子設備完全無法使用，菲爾正跟部長的通話也突然中斷。唯一能用的只有教授的計算尺。
邁克及時趕到聚會上，幫助悠悠球打敗了那群暴徒。但埃琳的朋友瑪麗亞卻不想再理她。埃琳娜說他們為什麼會找到我，註冊時不是說會保護我們的嗎？大家擔心地想到了，這是陷害，是針對異人族的獵殺。
就連華府也停電了，同時接到了所謂異人反抗隊的警告。總統下令，徹底剷除異人。
菲爾邁克菲茲他們找到了電磁脈衝源，埃琳娜繳了他們的武器，關閉脈衝源後，城市再度恢復光明。菲爾急忙跟部長取得聯繫，告知真相。並請他向公眾說明真相，並向大家公布了神盾局。
羅比回來後，發現黛西不見了。加布只說不知道他睡著了。黛西坐在自己車里，飲著酒，聽著部長對神盾局的讚美，關掉了收音
第4集：神盾局新舊同事通力合作
西蒙斯去看房子，她正在為她和菲茲建設未來的小家做準備。房間的外觀讓西蒙斯非常中意。進入房間後，她敏感地覺著有問題，於是拔出槍來，小心翼翼地觀察著。黛西突然手捂傷口出現在她面前。
原來，黛西從專殺異人的監察者組織手里搶過了一張名單，為此而受了傷。名單中是異人們的住址和電話。現在，她想請求西蒙斯幫助她，找出神盾局註冊過的那些異人們的信息。因為這些信息，早已落入了監察者手里，正在成為被襲擊的目標。黛西想提前向他們預警，使他們避開危險。
西蒙斯因為職責所在，先拒絕了黛西。然後黛西用槍指著她，西蒙斯與她配合，將U盤交給了同事。這個U盤插入神盾局電腦中，黛西就可以遠程控制，得到異人們的信息。
在眾多的信息中，黛西發現了詹姆斯的號碼。他曾經與黛西一樣，為蜂巢控制。倆人一起去找到詹姆斯，他正在一家超市，做普通的收銀員工作。黛西說服他跟自己一起，對抗即將來消滅他的監察者們。但沒想到的是，正是詹姆斯本人，跟監察者們搞在一起。
拉德克里夫博士和西蒙斯救回梅後，梅在艾達的照顧下，正在好轉。菲茲來看望她，同時想研究出更安全的辦法，來拯救那些鬼魂受害者。
菲爾去監獄看望羅比的舅舅伊萊，但伊萊不肯跟他配合。走出監獄外，他告訴邁克沒什麼收穫，這時，邁克發現了羅比的車，於是駕車狂追，最後動用神盾局的飛行器，逼停並撞暈了羅比。
他們將羅比關入了神盾局密封艙，菲爾和邁克分析，羅比曾去過動力實驗室，又去過監獄，他肯定與這件事有關。想到黛西對羅比很信任，於是菲爾放出了羅比，想與他做筆交易。羅比答應了。
他們一起去看伊萊，羅比告訴伊萊，他昔日的同事露西正在到處殺人。伊萊告訴了他，他曾為喬瑟夫和他的妻子露西等人建造了量子粒子發生器。這是台可以無中生有的機器。那些人打破規則，扮演上帝角色。發生了意外，喬殺死了他的妻子和同事們。伊萊太生氣了，他想復仇。
菲爾知道露西他們並沒有死，露西在這次事件中獲得了異能。他讓羅比問伊萊露西下一步會幹什麼，伊萊說她會去找邪惡的書，就是這本書讓他們做了這一切。
詹姆斯帶著監察者們捕殺黛西和西蒙斯，幸虧菲爾邁克帶著羅比趕到。在詹姆斯正要對黛西下手時，羅比及時出現，阻止並抓住了他。
菲爾告訴大家，那些人正在找的是《黑暗之書》，想得到此書，必須先找到喬瑟夫。喬瑟夫一直陷在昏迷中，現在被露西喚醒了。
菲爾和他的同事們，一起到了拉德克里夫博士那兒，他們需要梅參加行動，在那兒，菲爾第一次見到了艾達，西蒙斯馬上猜到了，艾達是博士和菲茲共同製造的機器人。知道這個秘密，和這些天一連串秘密的西蒙斯，該怎麼接受明天科技部就要進行的測謊呢？
第5集：監獄救伊萊終落空
菲爾邁克他們也找到了喬瑟夫，他在昏亂中說出了《黑暗之書》的下落，就埋在他和露西發現它的地方，然後七竅流血而死。這個地方露西知道，事實上她現在已經又找到了它，但上面的字消失了，露西什麼也看不到。
菲爾他們知道這部書的危害，商量著要不要告訴神盾局現任局長弗瑞。他們想先見見了解情況的伊萊，羅比的舅舅。結果菲爾和梅在去見伊萊時遭到典獄長襲擊並被困在了那里。因為露西已接觸感染了他們。菲爾和梅必須爭取時間，在露西找到伊萊之前見到他。
羅比向邁克請求加入戰鬥。黛西替他說話。邁克讓大家使用冷凍槍，因為那里有可能所有人都已被感染。
菲茨西蒙斯和拉德克里夫博士正在抓緊研製治療鬼魂人的藥物。邁克黛西等人出發前，邁克請菲茨遙控指揮這次行動，菲茨給了邁克能治療鬼魂人的針劑。大家乘坐昆式戰鬥機很快到達目的地。
邁克注射針劑使典獄長等人又恢復了正常神智。
菲爾梅黛西在尋找伊萊時，發現很多犯人對異人和神盾局有敵意。因為他們認為神盾局是保護異人的。他們虎視眈眈地盯著三人，這時，在這層監獄盡頭，氣化的露西顯現了一下，詭異地笑著，又消失了。所有的監獄門打開，犯人一一走出，包圍了他們三個。菲爾讓菲茨緊急打開了監獄所有的門，三人這才逃出。
西蒙斯接受測試時，敏感的問題使她緊張。這時，局長走進來帶她到另一間房密談。他就要跟敵視異人的納迪爾議長進行電視辯論了，希望西蒙斯幫他。
氣化的鬼魂神出鬼沒，只有羅比能對付得了他們。羅比燒死了其中一個，連邁克都被感染了，邁克趕緊為自己注射針劑。他們倆總算找到了伊萊，帶他離開。
黛西將菲爾梅關進了安全房間，她自己獨自面對大批被感染囚犯。由於骨折，她戴上了護臂，這樣就無法使用異能。最終，由於寡不敵眾，被人掐住了脖子，菲爾和梅在菲茨幫助下，設法離開安全屋及時趕到，
電視辯論中，為了說服對手，局長公布了自己就是一名異人的身份。他曾是個勇敢救人而聞名的英雄，在他做神盾局局長後，人類死亡率下降，現在，由於坦誠，他的支持率爆棚。但西蒙斯通過微表情觀察，隨後向他指出他話中的謊言，局長聽了，宣布取消今後對西蒙斯的測試，沉思著離開了。
邁克帶伊萊撤離過程中，幫助一個犯人臨時離開了一下，讓羅比帶著伊萊先走，結果羅比壓不住復仇的火焰，讓伊萊獨自去上飛行器，他除掉了那個當年下令造成他們家庭慘劇的人。
大家會合後，發現不見了伊萊，伊萊已被露西劫持，上了一輛救護車。
為林肯的死亡而自暴自棄的黛西，刻意跟大家保持距離。梅告訴她沒用，她現在做的，就像曾經的她。但菲爾的博愛，最終使她回到神盾局的群體中。
露西把《黑暗之書》放到伊萊面前，讓他來讀。伊萊的面前出現了文字，他驚喜地睜大了眼睛。
第6集：伊萊製造一切噩夢
當年，是喬瑟夫造出的機器實現了量子態能量永久儲存，這意味著可以無中生有地製造出萬物。但伊萊對此表示疑惑，因為實驗後的能量比實驗前還多，這是說不通的，違反了熱力學第一定律。露西表示這正是天才之處，並在興奮中告知伊萊因為他們得到了一本書。喬瑟夫聽到急忙制止了她往下說。
梅帶人進入了動力新能源實驗室。發現露西來過，但早走了。但菲茲發現，露西帶走了幾樣東西，猜她想再現當初，逆轉回人形。為了阻止她再傷人，神盾局繼續追蹤。
黛西帶加布去見羅比。為了保證加布安全，他們告知了他部分真相。
局長傑弗瑞帶人前去逮捕黛西和羅比。邁克急忙通知倆人帶著加布藏到隔離艙。在隔離艙中，羅比向加布和盤說出所有真相，包括他們當年的車禍和他的異變。
菲茲到處找菲爾，因為他需要查看一些科技戰略資料。又找不到西蒙斯，西蒙斯被艾弗瑞以委派任務的形式帶離聯繫不上。他發現了一家叫艾瑟丹公司跟動力能源實驗室有關。他找到了局長和菲爾，但發現局長更關注已關在艙內的黛西羅比。憤怒的羅比化身惡靈騎士闖出了隔離艙，痛打艾弗瑞，幸虧菲爾讓加布及時制止。
菲茲得到了授權，查到了資料，洞見了露西的行動。菲爾、邁克羅比等人趕往實驗室支援梅。
羅比面對露西時，露西說車禍不是針對他們兄弟的，當時喬瑟夫雇黑幫是為了殺掉伊萊，並說出了是羅比的舅舅伊萊想扮演上帝，製造了噩夢。羅比焚燒了露西。
菲茲為了避免上千人喪生，讓邁克緊急通知黛西處理。
菲爾找到了伊萊，但為時已晚，此時他也發現了伊萊才是那個真正的幕後元兇。
第7集：菲爾菲茲羅比從異次元重返現實
梅、邁克進入實驗基地後，發現菲爾菲茲羅比蹤跡全無。回到神盾局後，傑弗瑞、黛西、加布和他們一起看了實驗基地的監視屏，發現，伊萊發出了一道白光衝擊波後，菲爾三個人一下子消失了。大家懷疑菲爾他信已被伊萊困進小箱子里，如同曾經的露西。大家心情都很沉重。
被白光衝擊波擊中的菲爾他們，發現邁克、梅等同事看不見他們。他們猜測著，他們不是死了而是被改變了存在形態。 他們看得到神盾局所有人在做什麼，但卻無法對他們傳達訊息。羅比忽然覺得全身發冷，他似乎正在被拖往另一個空間。
黛西覺得事情也許還會有轉機。傑弗瑞同意她的觀點，於是打電話給納迪爾議長，想讓西蒙斯回來，但納迪爾沒有同意。原來，應納迪爾的請求，傑弗瑞讓西蒙斯去研究如何解救一個繭化人。西蒙斯最後成功地讓繭化人回到正常人的世界。
梅帶回了黑暗之書，想打開看有沒有什麼辦法救回菲爾他們，邁克擔心她打開的是一個潘多拉之匣，制止了她。
加布情緒也很低落，他覺得自己倆個至親，羅比、伊萊，自己竟然都不了解他們的另一面。
一直附身在羅比體內的惡靈騎士突然離體，附在了邁克身上。邁克騎上摩托車衝出了神盾局，黛西看情況不對，急忙開車跟在他身後，羅比也坐在車內，黛西卻看不到他。
邁克找到了跟伊萊合作過的華人幫，出手殺戮，黛西羅比趕到了。羅比勸說附身於邁克體內的惡靈離開邁克。從惡靈那兒，羅比知道了原來一切血案竟然都是舅舅伊萊製造的。惡靈懂得羅比正在被拖往什麼地方，他就是從那兒地方逃出來的，他絕不想再回去。黛西勸說邁克回去，邁克卻頭部燃火，一步步向她走來。
為了解救黛西和邁克，羅比又跟惡靈做了筆交易，答應帶他一起去找伊萊復仇。惡靈這才重新回到羅比身上，離開了邁克。
傑弗瑞找到拉德克里夫博士，第一次見到了博士製造的完全仿真人艾達。梅將黑暗之書交給了博士，博士只看了幾頁，急忙合上，他認識到人類現在的大腦無法承載這樣的知識，讀了後只會造成傷害。這一切，被站在他們身邊的菲爾菲茲看在眼里，菲爾誇讚博士夠聰明，懂得這本書的害處。最後，這本書由艾達來讀，她作為一個被設計的人形機器人，不會受到傷害。
艾達著手建造了一個跨維度大門，菲爾菲茲終於回到了正常的世界。當邁克悲傷地以為羅比為他而死時，羅比也通過了大門，帶著他的惡靈，重返正常世界。他請邁克和他一起，清算最後一筆帳，舅舅伊萊製造的一切血債。
第8集：神盾局協力解除伊萊危機
警察局和神盾局包圍了伊萊，記者採訪局長傑弗瑞，傑弗瑞只能暫時以事態正在發展，尚無可奉告先敷衍過去。他們必須得先集中全力，對付伊萊。他同意菲爾的建議，派出艾達、黛西、悠悠球埃琳娜、羅比等人去處理這次危機。
埃琳娜在偵察情況時，被伊萊製造的火牆燒傷了胳臂。羅比除掉了阻攔他的華人幫後，發現了伊萊建造的一個量子能源的大型電池。他正在查看究竟，伊萊出現，羅比正要變身惡靈騎士攻擊，反而被伊萊先出手弄傷。菲茲發現，這塊大電池事實上還是中子發射器，接近它就會觸發超臨界質量。危險超過以往，菲爾決定啟用B計劃了。
傑弗瑞從拉德克里夫博士那兒得知，艾達是讀了黑暗之書後建造了跨時空大門。他表示對艾達這個機器人有些擔憂。他會密切關注她，決定下一步該對她做什麼。
羅比責問伊萊，為什麼要變成殺人犯，辜負他和弟弟加布對他的信任。伊萊說因為他忍受不了動力實驗室那些白人同事，比如露西等人的傲慢。他要的是尊重。現在，他能徒手造出一座城市，也可以轉瞬之間毀滅它。他正在變成神。
菲茲已經找到了辦法，阻止伊萊的瘋狂行動。菲爾率人來到伊萊面前，吸引他的注意。果然，伊萊看到被他汽化的菲爾還好好地活著，感到不可思議。菲爾告訴伊萊，他並不是在創造，他只是在盜取能量。他每次盜取能量，都會造成地震。
艾達編制著跨時空大門，黛西吸收著震動波，埃琳娜拿專門對付伊萊的特製磁鐵，大家各自按計劃行動著。就連局長傑弗瑞也運用了他身為異人的力量，參與到行動中。受傷的羅比，用全身力量，再次化身惡靈騎士，揪住了伊萊。大量電池的門關上了，倆人焚燒著一同消失了。
黛西被人群發現，媒體們以為又是黛西製造了這些震動。局長傑弗瑞及時現身，還她以清白，並宣布她是神盾局的一員。菲爾和其它同事們對黛西重新成為神盾局一員而高興。邁克和埃琳娜數周未見，又一次擁抱相吻。
傑弗瑞同意了博士的研究項目，包括進一步完善艾達這樣的機器人，但要在神盾局監督之下。他派助手內桑森收拾博士的物品搬到神盾局。內桑森在收拾時，發現了艾達的秘密，他正要查看究竟，艾達出現扭斷了他的脖子。
第9集：為爭黑暗之書博士設局中局
艾達囚禁梅，是為了造出跟梅一樣的機器人替代品。現在，這個「梅」進入了神盾局的同事中，而大家毫無察覺。
傑弗瑞正安排大家如何妥善處理《黑暗之書》。菲爾告訴這個梅，協同博士清空艾達的硬碟，因為艾達讀過了《黑暗之書》。博士和菲茲替艾達惋惜，邁克提醒他們，艾達只是個機器人，首先要提防的是機器人的崛起和反擊殺戮。博士同意了。但博士和菲茲帶人去處理艾達時，反而被艾達所傷。艾達還殺掉了他們帶去的兩個警員。
維傑是納迪爾議員的親弟弟，他就是西蒙斯從繭里解救出來的那個異人。納迪爾帶他在幽靜的別墅里休養。她想探問維傑在繭里的七個月里究竟發生了什麼，維傑沒說，而是向她誇起了解救他的西蒙斯。納迪爾議員對異人和神盾局一向充滿敵意，聽了這話很不高興地轉移了話題。
傑弗瑞帶黛西、西蒙斯去找維傑，而參議員顯然已安排監察者要除掉她的親弟弟維傑。但當監察者們真的用槍指住維傑的腦袋時，納迪爾還是心軟了。
傑弗瑞和黛西西蒙斯找到了別墅。納迪爾帶人攔住了他們。這時，樓上傳來槍響聲，原來，監察者們趁納迪爾不在場，想除掉維傑。維傑的異能被激發了，他除掉了他們。這時，西蒙斯和納迪爾同時走了進來，西蒙斯邀請維傑來神盾局，納迪爾表示反對，並說神盾局只是想把維傑變成可以利用的武器。她讓維傑跟她一起離開。維傑被姐姐的親情打動了，不料上了直升機，納迪爾就親手擊斃了自己的弟弟維傑。她這個舉動，再次獲得了監察者們的信任。
艾達進入了神盾局的電腦系統，她斷掉了整個基地的電源。艾達說她想拿到黑暗之書。菲爾安排邁克、悠悠球等人作阻止艾達進入基地的第一道防線，他和梅來阻止她進入基地。菲茲和博士去啟動基地的備用電源。
艾達通過梅，找到了菲爾以為隱藏得很好的黑暗之書。正要離去，菲茲和博士追上了她。菲茲已將基地系統重置，艾達無法離開了。 邁克趁其不備，從她背後砍下了她的頭顱，菲茲研究著這個頭顱。菲爾則準備自己獨自去處理掉黑暗之書。
事實上，博士才是幕後主使。現在，他正跟另一個艾達說著心聲。他想得到黑暗之書，從而實現人類的永生。 下一步，他準備利用梅來達到這個目的。
第10集：神盾局局長傑弗瑞異人假象穿幫
傑弗瑞在公眾和媒體面前，隆重介紹了黛西。稱她為神盾局最盡責的臥底特工，為保護普通民眾做出了一系列英雄事跡，他的宣傳，使黛西贏得了公眾的愛戴和歡呼聲。
菲爾和邁克也站在人群中傾聽著，菲爾跟黛西的私人感情一直如同父女，他為黛西重見天日而感到由衷高興。不過，職業特工的敏銳使他注意到，房頂本該有特工守衛的地方，現在空無一人。與此同時，站在較高處的黛西發現了房頂伏低身子的狙擊手，她急忙推開了處在危險中的演講者，傑弗瑞用其神力將講桌向狙擊者擲了過去。
人群一片混亂。傑弗瑞和伯羅斯，在邁克和菲爾護送下趕往安全屋。黛西抓住了這個狙擊手帶回了神盾局。因傑弗瑞不在，國防部長塔伯特代行其職，他讓梅和黛西共同審訊這個行刺的狙擊手。
菲茨讓人研究著艾達的頭顱，西蒙斯發現後要制止，她認為最好儘快銷毀這個頭顱，而不是研究。菲茲在博士那兒，博士正說服他，想拿回艾達那個被削掉的頭顱，菲茲拒絕了，並勸他這幾天不要去神盾局總部。菲茲走後，博士喚出了新艾達，告訴她，他有點擔心正在總部的梅的生化機器人替身，怕梅露出破綻，他的計劃就都完了。
黛西和梅在審訊行刺者，行刺者是個俄國佬，前九頭蛇成員。他什麼都不肯說。坐在昆式戰鬥機中，傑弗瑞他們討論著剛才的刺殺。邁克和菲爾覺得這次刺殺透著蹊蹺，不合常理。既沒有撤退計劃，也沒有必勝把握。正想跟神盾局打個電話，發現信號受到了干擾無法聯繫，這時，機翼突然斷裂，伯羅斯竟被突然灌進艙內的風颳出了飛機。震暈了的特工們醒來時，發現飛機墜落，機長已死。行刺、墜機，這肯定不是巧合。傑弗瑞帶著菲爾、邁克，鑽出了飛機，一同在樹林中尋找著伯羅斯。
正被博士控制處於昏迷狀態的真正的梅，大腦皮質層突然活動頻繁。博士有點擔心她會死掉。因為艾達殺人程序啟動時，有點分不清狀況，給博士帶來了麻煩，博士準備重新設置她的程序。
總部那個生化機器人梅，此時，正跟西蒙斯、黛西一起，找到國防部長，商量營救失聯戰鬥機的事情。塔伯特剛愎自用，置本該在局長不在的情況下，擁有第一權限的西蒙斯於不顧，直接將更高的權限交給了機器人梅。
真正的梅突然從昏迷中醒來，她拔掉了插在自己身上的管子，剛跑出封閉櫃，就被艾達發現了。艾達掐住了梅的脖子，差點弄死梅。博士及時制止，讓她給梅打了鎮靜針，梅又一次暈了過去。
傑弗瑞菲爾邁克三人看到一輛車經過，上面有不少持槍的監察者。伯羅斯已死，他們拿到了箱子，但要打開箱子，除非有傑弗瑞的生物指紋，否則只能用爆炸手段了。事不宜遲，三人馬上配合採取了行動，傑弗瑞拿到了箱子，剛一打開，結果被發現的監察者打中腿受了傷。菲爾邁克擊斃了監察者，他們看到箱內物品，這才意識到，傑弗瑞並非異人，沒有天生神力，他只是靠箱內的藥物注射才擁有了神力的。而他這樣做，都是奉塔伯特之命，塔伯特想塑造這樣一個英雄，從而取得異人族的信任，從而在未來可能發生的第三次世界大戰中，擁有致勝法寶。
此時，西蒙斯也從塔伯特口中，知曉了這個秘密。她吃驚地提醒塔伯特這種藥物配方的副作用，可以使人具有盲目的攻擊性，塔伯特不以為然。
傑弗瑞在菲爾的安排下，分散對手的注意力，邁克趁機炸毀了對手干擾信號的通信車，黛西和機器人梅也趕到了，除掉了對手。
菲茲趁西蒙斯不注意，偷偷研究著艾達的頭顱。他接上電後，還與這個頭顱對上了話。看西蒙斯來了，他急忙鎖上了柜子，說以後不再打開了。
回到神盾局，傑弗瑞因為自己的真相被拆穿，有點惴惴不安。菲爾則告訴他，自己對當局長沒興趣，也不喜歡那些政治任務，傑弗瑞繼續做局長挺適合的，不過，在專業問題上，菲爾想要說了算。
來源：kknews《神盾局特工》第四季（上）
